1913 г.
Създава се Народно първоначално училище в гр. Неврокоп, със заповед № 978 от 23.09.1913 г. на Министерството на Народното просвещение, поместена в Държавен вестник на 23.09.1914 г. Училището носи името „Отец Паисий“. Помещава се в сграда, построена през 1908 г. за нуждите на турската жандармерия.
1916-1931 г.
Сградата се ползва за военна болница. След Първата световна война с нареждане на Министерството на просветата е дадена на турското училище. През 1922 год. училищната сграда приютява Педагогическото училище в града, което подготвя начални учители. През този период, учениците и учителите от училище „Отец Паисий“ ползват Хуклевата къща (намирала се е в двора на ДДЮ „Иван Кюлев“ и на портата ù имало табела „Училище „Отец Паисий“- по спомени на г-жа Панчева, бивша учителка във II-ро ОУ) и Потерашевата къща (намирала се е до реката, зад старата градска баня).
1931-1932 г.
Началното училище отново заема първоначално дадената му сграда, в която остава до построяване на новото училище (т.е. до 1976 г.). Главен учител е Кирил Караманов от с. Просечен.
28.02.1934 г.
Учителският съвет взема решение училище „Отец Паисий“ да се наименова „Братя Миладинови“. Решението е записано в Протокол № 3 от 28.02.1934 г. (Летописна книга на Народно начално училище „Братя Миладинови“)
1913-1965 г.
Малко са запазените материали и документи за историята на училището за този период. Исторически справки на фондообразователя – Начално училище „Братя Миладинови“ гр. Гоце Делчев за периодите 1908 – 09.09.1944 г. и 1944г. – 1965г. се съхраняват в Държавен архив гр. Благоевград.
В двете исторически справки са отразени основни данни за училището. За начало се посочва 1913 г. Дадени са имената на учителите, работили през годините от 1913 до 1965 г. Посочени са главните учители, изпълнявали длсъжнотта директор и директорите. Много накратко се посочва дейността в училището – работата на учители и ученици, постигнати успехи.
1973-1976 г.
Изгражда се новата сграда. Първа копка прави министърът на МНП – Ненчо Стаменов. 1976-1977 г. Първа учебна година на III-то ОУ „Братя Миладинови“ в новата сграда. Тържественото откриване с богата програма е на 31 май 1977 г. от министър Ненчо Стаменов.
Директори на Трето основно училище
1976-1986 г. Ангел Вълчев
1986-1988 г. Ангел Башов
1988-1994 г. Никола Кутинов
1994-2006 г. Светлозар Жостов
2006-2020 г. Мариана Халачева
от юли 2020 г. - до март 2021 г. Димка Мурджева
от март 2021 г. - до момента Никола Джингаров